АВ 2009г. Выпуск 15 Об автономных учреждениях в Российской Федерации
Ликвидация
При создании автономного учреждения путем изменения типа существующего государственного или муниципального учреждения не допускается изъятие или уменьшение имущества (в том числе денежных средств), закрепленного за государственным или муниципальным учреждением. Более того, созданное путем изменения типа существующего государственного или муниципального учреждения автономное учреждение вправе осуществлять предусмотренные его уставом виды деятельности на основании лицензии, а также свидетельства о государственной аккредитации, иных разрешительных документов, выданных соответствующему государственному или муниципальному учреждению, до окончания срока действия таких документов. Ликвидация автономного учреждения происходит по общим основаниям и в порядке, которые предусмотрены нормами Гражданского кодекса Российской Федерации. Требования кредиторов удовлетворяют только за счет имущества, на которое в соответствии с Законом может быть обращено взыскание. Оставшееся после удовлетворения требований кредиторов имущество, а также имущество, на которое не может быть обращено взыскание по обязательствам, передается ликвидационной комиссией учредителю.
Григорьева Н.С. Автономные учреждения: создание, реорганизация и ликвидация // Гражданское право, 2008, N 4
Автономное учреждение не может быть ликвидировано в порядке, установленном Законом О несостоятельности (банкротстве) . По общему принципу, изложенному в гражданском законодательстве, учреждение априори не может быть объявлено банкротом, оно отвечает по обязательствам имеющимися у него денежными средствами, субсидиарную (дополнительную имущественную) ответственность при этом несет собственник имущества (учредитель).